O Vitória de Guimarães tem raízes em equipes de estudantes organizadas nos anos 1910, mas sua fundação oficial é de 1922, com a eleição da primeira direção e a filiação à Associação de Futebol de Braga. A figura de Afonso Henriques no escudo reforçou a ligação com a história da cidade e deu origem ao apelido Conquistadores.
O clube começou a se destacar nos campeonatos regionais, com títulos de Braga e do Minho. Chegou à primeira divisão em 1941 e, após uma breve queda nos anos 1950, estabeleceu uma longa presença na elite. O estádio municipal inaugurado em 1965 tornou-se a base do atual D. Afonso Henriques.
Sob a presidência de Pimenta Machado, iniciada em 1980, o Vitória passou a disputar competições europeias com frequência. Em 1987, chegou às quartas de final da Copa da UEFA e terminou o campeonato português em terceiro. A Supertaça de 1988, vencida contra o Porto, foi seu primeiro troféu nacional, depois de várias finais de Taça de Portugal perdidas.
O rebaixamento de 2006 interrompeu essa continuidade, mas o clube retornou imediatamente. Em 2007/08, voltou ao terceiro lugar e ganhou uma vaga na fase classificatória da Liga dos Campeões. A conquista da Taça de Portugal veio em 2013: o time de Rui Vitória virou a final contra o Benfica com gols de Soudani e Ricardo Pereira.
Em 2023, a entrada da V Sports como acionista acrescentou uma nova etapa administrativa, com a participação ajustada para atender às regras da UEFA. Na temporada de 2024/25, o Vitória alcançou a fase de liga da Liga Conferência após uma sequência de vitórias nas eliminatórias, ampliando sua experiência continental.
Em 2025/26, conquistou a primeira Taça da Liga, vencendo a final da Taça da Liga contra o Braga. A campanha teve viradas contra Porto, Sporting e o rival minhoto. O nono lugar no campeonato, porém, mostrou que o sucesso nas copas não se traduziu em regularidade na liga. O clube segue buscando aproximar essas conquistas da presença constante entre os primeiros colocados.