A história do futebol organizado em Villarreal começou com um clube criado em 1923. Após seu desaparecimento, uma nova equipe surgiu em 1942 com o nome Atlético Foghetecaz. Ela passou a disputar as competições regionais e adotou o nome Villarreal CF em 1954. O amarelo do uniforme e uma comemoração de acesso inspirada na música Yellow Submarine deram origem ao apelido Submarino Amarelo.
A entrada de Fernando Roig no controle, em 1997, marcou uma mudança de escala. O primeiro acesso à elite veio em 1998, por meio de um confronto com o Compostela. A estreia terminou em rebaixamento, mas o clube conseguiu voltar e construir uma permanência mais longa. O antigo El Madrigal, depois chamado Estadio de la Cerámica, acompanhou esse crescimento.
Com Manuel Pellegrini, a partir de 2004, o Villarreal passou a disputar as primeiras posições. Terminou em terceiro em 2005, com Diego Forlán como artilheiro, e chegou à semifinal da Liga dos Campeões em 2006. A eliminação para o Arsenal incluiu um pênalti perdido por Riquelme no fim do jogo. Em 2008, o vice-campeonato espanhol confirmou a força daquela geração.
O rebaixamento de 2012 interrompeu doze anos consecutivos na elite. A reação foi rápida: Marcelino comandou o retorno na temporada seguinte, com Bruno Soriano como capitão. A recuperação permitiu retomar a presença europeia sem um afastamento prolongado da primeira divisão.
O maior título veio em 2021, na Liga Europa. A decisão contra o Manchester United terminou em uma disputa de pênaltis que chegou aos goleiros. Gerónimo Rulli marcou sua cobrança e defendeu a de David de Gea. Na temporada seguinte, o Villarreal eliminou Juventus e Bayern antes de disputar outra semifinal da Liga dos Campeões, dessa vez contra o Liverpool.
A sustentação do projeto combina jogadores desenvolvidos internamente, contratações e vendas. Bruno Soriano e Gerard Moreno se tornaram referências, enquanto negociações como as de Pau Torres e Álex Baena trouxeram receitas importantes. O percurso levou um clube de uma cidade pequena a competir repetidamente nas fases decisivas da Europa.
